Les croyances étaient un moyen d'unification de l'Empire, les Incas avaient officialisé leurs propres mythes, acceptant par contre les dieux des peuples conquis. Toutefois, ils ont toujours demandé à ces peuples d'adopter le Soleil comme divinité suprême.

   On ne peut reconstruire avec certitude de nombreux éléments de la religion ancienne, à cause de l'intolérance religieuse des conquistadores espagnols. Le Soleil était-il la principale divinité indigène? Nous citerons le Manuscrit de Huarochiri du XVIIème siècle, qui constitue peut-être la source de recherches la plus importante concernant la religion ancienne : "On dit que quand les Incas se trouvaient sur les hautes terres, sur le Titicaca, ils adoraient le Soleil (...). Mais quand ils se trouvaient sur les terres basses, ils adoraient Pachakamaq (...). Ils adoraient seulement ces deux huacas par dessus toutes les autres, les enrichissant et les embellisant avec des offrandes en or et en argent."

   Dans le mnuscrit Huarochiri, l'Inca apparaît demandant de l'aide à différents dieux pour vaincre ses ennemis. Pachakamaq est jusqu'à nos jours incarné dans le Christ des Tremblements de Terre, la divinité qui a le pouvoir de calmer les mouvements telluriques, figure chrétienne la plus vénérée dans le Cuzco actuel.

   En plus du Soleil et de Pachakamaq, on adorait la Foudre, l'Arc-en-Ciel, la Lune, soeur et épouse d'Inti, les Etoiles. D'autres divinités furent les sommets des montagnes ou Apus, dieux tutélaires, dont le culte se trouve actuellement associé à celui de Pachamama, source de vie et de fécondité. A ces huacas aussi on pouvait offrir des vies.

   Actuellement, on fait le rituel du despacho ou pago, qui est une offrande aux Apus ou à la Pachamama, ce qui probablement s'est aussi fait anciennement.